El Órgano Interno de Control es un órgano dotado de autonomía técnica y de gestión para decidir sobre su funcionamiento y resoluciones.  Está a cargo de  prevenir, corregir, investigar calificar actos u omisiones que pudieran constituir responsabilidades administrativas; revisar el ingreso, egreso, manejo, custodia, aplicación de recursos públicos estatales; así como presentar las denuncias por hechos u omisiones que pudieran ser constitutivos de delito ante la Fiscalía Especializada en Combate a la Corrupción.